עם גירוש היהודים מספרד, חלק מהם הגיע ליוון והתיישבו בין היתר גם בעיר החוף סלוניקי. במשך הדורות הקהילה

גדלה והתרחבה וחלק נכבד ממנה פנה לעבודות הים כך שהעיר הפכה למקום היחידי בעולם שם היהודים עסקו בעבודות הים מדורי דורות. שם אפשר היה למצוא ספנים ותיקים (BOATSMEN) סווארים מנוסים  (STEVADORES), מנהלי עבודה (FORMEN), מנופאי אניות (WNGHMEN), סבלי נמל כבירי כוח (PORTERS), מפעילי סירות מנוע/גוררות (LAUNCHMEN) ודייגים (FUSERMEN) מלידה.  יהודי סלוניקי לא גילו נטייה להפליג למרחקים וככל הנראה אחת הסיבות לכך הייתה ההתקשרות היתרה לחוג משפחתם ולמקום מגוריהם.

העולים הראשונים מסלוניקי הגיעו לארץ בשנת 1931 והתיישבו בתל-אביב ובחיפה. בגלל התנאים המיוחדים ששררו אז בארץ והעבודה בנמל חיפה ויפו שנעשתה אז ע"י פועלים ערבים מקומיים ומחורן שבעבר הירדן שהסתפקו בשכר זעום ביותר ובגלל יחס שלטונות המנדט העוין נבצר מהעולים האלה להשתלב בעבודה בנמלים וחלק מהם פנה לעסוק בדייג. עם תחילת העבודה לבניית שובר הגלים בחיפה נעשו מאמצים רבים לשלב פועלים יהודים בעבודה בנמל תוך כדי תחרות קשה עם הפועלים הערבים וכאמור, היחס העוין של שלטונות המנדט אשר לא ראו בעין יפה את ניסיונות היהודים להשתלב בעבודה בנמל חיפה.

במוסדות היהודים הגיעו למסקנה שיש  להקים מעמד של עובדי ים יהודים בארץ ישראל, בלי קורבנות וללא עמל רב ומאחר שהיה ידוע שאין יהודים אחרים היכולים להיקלט במקצועות הים בקלות  ובמהירות כמו יהודי סלוניקי ומשום שהם עוסקים בעבודות ים ונמלים מזה דורות רבים, עד שיצא שמו של נמל סלוניקי כנמל של  יהודים שאין עובדים בו בשבתות ובמועדי ישראל ומאחר שרוב מניינם של העובדים הם יהודים השומרים על קדושת השבת והמועדים ושובתים מעל מלאכה.

באותה התקופה (1932) נמל סלוניקי היה שרוי במצוקה בגלל השפל הכלכלי הגדול בה הייתה נתונה יוון וזאת כתוצאה מהמשבר בכלכלי אשר עבר על אירופה וזו הייתה הזדמנות לעשות מעשה גדול ולהעלות את יהודי סלוניקי ולהעסיקם בעבודה בנמל חיפה. לאור נתונים אלה המוסדות נרתמו לפעולה בנדון ואכן החלו בהעלאת יהודים  מסלוניקי שנקלטו מיד בעבודות בנמל חיפה וזאת על אף הקשיים שעמדו בדרכם. ביום 19 אפריל 1936 פרצו מהומות הדמים בארץ ישראל ובו ביום גם הוכרזה  שביתה  בכל הארץ אשר הקיפה גם את נמלי יפו וחיפה וזאת במטרה להטיל מצור כלכלי על הישוב היהודי בארץ ישראל. למנהיגי הישוב הוברר שבלי נמל בו יהיה אפשר לפרוק ולטעון סחורות עבור הישוב, לא תהיה אפשרות לעמוד במצור עליו הכריזו הערבים. לפיכך, המוסדות היהודים התארגנו ופנו אל ממשלת המנדט ואל משרד המושבות הבריטי ודרשו בכל תוקף לקבל אישור לבניית מזח בחוף תל-אביב. האישור התקבל וביום  19 מאי 1936 עגנה האוניה הראשונה בחוף תל-אביב. כדי להפעיל את פריקת מטען האוניה בצורה מקצועית ומסודרת, גייסו מיד קבוצת פועלים מקצועיים מבין העובדים הסלוניקאים בנמל חיפה אשר היוו את הגרעין המדריך לעובדי נמל תל-אביב. מיד עם בוא העובדים יוצאי סלוניקי לעבודה בנמל תל-אביב  וקביעת מקום מגוריהם בסביבה הקרובה לנמל, החליטו לבנות בית כנסת כדי שיהיה להם מקום משלהם לתפילה. עבודת פועלי הנמל שנעשתה בים הפתוח אשר אינו מוגן כמו  בנמל חיפה , היוותה סכנה מתמדת לעובדים ומתוך אמונה שהם זקוקים לניסים ולמגן בעבודתם החליטו לקרוא את שם בית הכנסת על שם "רבי מאיר בעל-הנס" שיגן עליהם ומכאן השם.

בית הכנסת נבנה ע"י העובדים הסלוניקאים כשמצטרפים אליהם עובדים ספרדים אחרים וכך נוצרה לה קהילה יהודית חמה שומרת מצוות ובית הכנסת מילא תפקיד חשוב בקהילה חדשה זו. כהוכחה לחשיבות בית הכנסת בחיי הקהילה, בניהם, נכדיהם וניניהם של המייסדים והמתפללים הראשונים שומרים אמונים למסורת שנקבעה ע"י הוריהם וממשיכים לא רק להתפלל בו אלא גם מקיימים בו את כל השמחות של חגיגות  הבר-מצווה , בריתות ועליה לתורה של חתנים בבית הכנסת למרות שבקרבת מקום נבנה בית כנסת מפואר אחר ע"י משפחת רקאנטי , משפחת בנקאים יוצאי סלוניקי .

עד כאן סיפורו של אפרים ברוך ע"ה שהלך לעולמו ביום ב' אדר ב' תשע"ד

כיום, מתופעל המקום על ידי עמותה רשומה כחוק שחבריה עושים ימים כלילות לשמר את המקום שבראייתם, מהווה בית הכנסת פיסת היסטוריה הקשורה בקשר גורדי לנמל תל-אביב המיתולוגי. התפילות מתקיימות כסדרן וברציפות לרבות אירועי שמחות, הכנסת ספרי תורה וגם אזכרות שאותם מקפידים צאצאי המתפללים הוותיקים לערוך מידי שנה. במבצע "צוק איתן" נפגע בית הכנסת מפגיעת טיל שהחריב את המבואה ובדרך נס בית הכנסת וספרי התורה לא נפגעו. שרידי הפגיעה ניכרים במבואה עד היום. במקום מתקיימים סיורים וביקורים המלווים במצגות ובסרטים המספרים את סיפורו של המקום והכל על בסיס התנדבות ותרומות. סכנה גדולה מאיימת על בית הכנסת. היזמים "אחים חג'ג'" הגישו תביעה לבית המשפט לפינוי המקום בטענה הזויה על "פלישה". העמותה ניהלה במשך שנתיים ימים מאבק ללא פשרות נגד גזרת הפינוי והגיעה לפשרה לפיה ביה"כ יעבור למשכן זמני לפרק זמן של כ 4 שנים ולאחר מכן יחזור למקומו והעמותה תזכה לבית כנסת חדש "לצמיתות" עם רישום הערת אזהרה בטאבו והכל לרווחת הציבור ולזכר מייסדי ביה"כ ולזכר כל אלה שבאו בשעריו והלכו לעולמם..