מרבית ספר קדמוניות היהודים פרק יא המתאר את התקופה הפרסית, מבוסס על סיפורי המקרא או גרסאות שונות של סיפורים אלה. שני עניינים עומדים במוקד תשומת ליבו של יוספוס כאשר הוא מתאר את תקופת שיבת ציון, בעיית הנשים הנוכריות והיריבות בין השומרונים ליהודים. בעיות אלה עולות מבין שולי קטע זה, סנבלט מציע את בתו למנשה אחיו של הכוהן הגדול מתוך תקוה לרכוש את לב היהודים. תקווה זו נגוזה, היהודים מגרשים את מנשה בשל נישואין אלה לנוכריה ובעקבות זאת נרקמת המזימה להקים מקדש בהר גריזים שבראשו יעמוד מנשה והוא ישרת כהנים וישראלים שעמדו בקשרי נישואין עם השומרונים.

לפי יוספוס, המפגש בין אלכסנדרוס לבין הכהן הגדול המלווה בתהלוכה של כהנים ואזרחים, אירע במקום הנקרא צופים משום ניתן לצפות על ירושלים והמקדש. הציפייה ממלוויו של אלכסנדרוס הייתה שהוא יתיר להם להרוג את הכהן הגדול ומלוויו אולם ההפך הוא שאירע. הוא יורד מסוסו, משתחווה וכורע לפני הכהן ומספר למלוויו שהוא הדמות המופיע בחלומו והמנבא את ניצחונותיו במסעותיו הצבאיים.
עיקרו של סיפור המפגש לפי יוספוס, הוא הביטויים השונים לרצונו של האל בעליית אלכסנדר וההכרה שהיכיר אלכסנדר באלוהי ישראל ובעמו. את הזיקה בין העולם המקראי להיסטוריה ההלניסטית טווה יוספוס באמצעות רמיזות לספר דניאל. כידוע, בחזיונו של דניאל ארבעה מלכויות שהאחת תפיל את רעותה. לפי החזיון, מלך הלניסטי יפיל ויביס את האימפריה הפרסית. הדרכים בהן השתמש יוספוס בספר דניאל בכדי לרמוז שאלכסנדרוס הוא המלך שיביס את הממלכה הפרסית הן מרתקות.
בלב סיפור המפגש בין אלכסנדרנרוס לכהן הגדול היא ההשתחוות שלו לפני הכהן. מתברר שאלכסנדר עשה זאת משום שזיהה את הכוהן הגדול עם הדמות שנגלתה אליו בדיון שבמוקדון ערב צאתו למסע נגד פרס. ההקבלה לכתוב בספר דניאל ברורה וזהה. לאחר שדניאל פתר לנבוכדנאצר את חלומו, מסופר: "באדין מלכא נבוכדנצר נפל על אנפוהי ולדניאל סגד ומנחה וניחחין אמר לנסכה לה'".  והתרגום מארמית: "אז המלך נבוכדנצר נפל על פניו והשתחוה לדניאל, הוא הביא מנחה ויין לנסכים ולנחת רוח, ואמר לנסך". דניאל ב' מו'. אקט ההשתחוות בשני האירועים השונים באה לאחר ששני המלכים קיבלו מידע מהאיש שלפניהם על העתיד המדיני. יתכן, כי יוספוס בנה את סיפור המפגש בין הכהן הגדול  לאלכסנדר על פי ספר דניאל ב. בשני המקרים מתואר חלום, לאחר מכן מתעוררת סכנה ליהודים ולבסוף הנציג היהודי פותר את החלום (דניאל, הכהן הגדול) ובשלב האחרון המלך מכיר בגדולת אלוהי היהודים ונציגו ומשתחווה לו.   
ספר דניאל מספק לא רק מסגרת או דגם ספרותי ליוספוס, אלא יש לו תפקיד מרכזי בהערכה של יוספוס לאלכסנדר. אלכסנדר שומע שבספר דניאל יש נבואה שאחד מההלנים יהרוס את מלכות הפרסים ("וכשהראו לו את ספר דניאל, בו אמר (הנביא) שאחד מההלנים יהרוס את מלכות הפרסים, אמר בלבו שהוא האיש המיועד ושמח ושילח אותה שעה את העם") לעומת נבוכדנאצר, שנזקק לדניאל שיפתור לו את חלומו, החלום של אלכסנדר נפתר אמנם רק לאחר שנים מספר, אבל אלכסנדר הוא שפותר את הנבואה על עצמו. אפיזודה זו שונה מהמפגש בין אלכסנדר לכהן הגדול בכך שהיא נטולת מילים. היהודים מראים לאלכסנדר את נבואת דניאל, אך אינם אומרים לו דבר, ואילו אלכסנדר אף הוא אינו אומר דבר ליהודים.
ספר דניאל נתפס בעיני יוספוס כמפתח להבנת ההיסטוריה העולמית הבתר־מקראית. הספר, כאשר הוא מתפרש נכון, מציג מפה של חילופי הממלכות, וגלומה בו תקווה לעידן המשיחי.